script_exemplo_metanalise.R

####################################################################################### #example_metanalysis.R is licensed under a Creative Commons Attribution - Non commercial 3.0 Unported License. see full license at the end of this file. ####################################################################################### #this script follows a combination of the guidelines proposed by Hadley Wickham http://goo.gl/c04kq as well as using the formatR package http://goo.gl/ri6ky #if this is the first time you are conducting an analysis using this protocol, please watch http://goo.gl/DajIN while following step by step

#link to manuscript

##################################################################################### #SETTING ENVIRONMENT ##################################################################################### #command below will install individual and is only run once. remove the hash tag if this is the first time you are running the code on RStudio, and then you can add the hash tag again install.packages("RCurl", repos="http://cran.r-project.org") install.packages("metafor", repos="http://cran.r-project.org") install.packages("meta", repos="http://cran.r-project.org")

#Load packages (after installed) with the library function library(RCurl) library(metafor) library(meta)

######################################################################################################## #IMPORTING DATA AND RECODING ###################################################################################################### #Importing data set from the Spredsheet in google docs (Insert link)

##Call continuous data dataset webdata1<- getURL(" " ,ssl.verifypeer = FALSE) data_cont<-read.csv(textConnection(webdata1))

##Call binary data dataset webdata2- getURL(" " ,ssl.verifypeer = FALSE) data_bin<-read.csv(textConnection(webdata2))

##Call proportion data dataset webdata3<- getURL(" " ,ssl.verifypeer = FALSE) data_prop<-read.csv(textConnection(webdata3))

##Call correlation data dataset webdata4<- getURL(" " ,ssl.verifypeer = FALSE) data_cor<-read.csv(textConnection(webdata4)) ########################################################################################### #Example from Meta Package: Numeric Continuous data ########################################################################################### ## Example 1 meta1 <- metacont(n.e, mean.e, sd.e, n.c, mean.c, sd.c, data=data_cont, sm="SMD") summary(meta2) forest(meta1) funnel(meta1) metainf(meta1) metainf(meta1, pooled="random")

## Example 2 with subgroup analysis meta2 <- metacont(n.e, mean.e, sd.e, n.c, mean.c, sd.c, data=data_cont, sm="SMD",byvar=group) summary(meta2) forest(meta2) funnel(meta2) metainf(meta2) metainf(meta2, pooled="random")

########################################################################################### #Example from Meta Package: Binary outcome 2x2 ########################################################################################### ### Example 1 meta1 <- metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data=data_bin, subset=c(41,47,51,59), sm="RR", method="I") summary(meta1) funnel(meta1) forest(meta1) metainf(meta1) metainf(meta1, pooled="random")

### Example 2 with subgroup analysis meta2 <- metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data=data_bin, subset=Olkin95$year<1970, sm="RR", method="I",byvar=group) summary(meta2) forest(meta2) funnel(meta2) metainf(meta2) metainf(meta2, pooled="random")

########################################################################################### #Example from Meta Package: Single proportion (Prevalence) ########################################################################################### ## meta1<- metaprop(casesTRUE, nTOTAL, sm="PLN",data=data_prop) forest(meta1) funnel(meta1) metainf(meta1) metainf(meta1, pooled="random")

## meta2<- metaprop(casesTRUE, nTOTAL, sm="PLN", data=data_prop, byvar=group) forest(meta2) metainf(meta1) metainf(meta1, pooled="random") ########################################################################################### #Example from Meta Package: Correlation data ########################################################################################### ## Example 1 meta1 <- metacor(cor, n, data=data_cor,sm"COR") summary(meta1) forest(meta1) funnel(meta1) metainf(meta1) metainf(meta1, pooled="random")

## Example 2 with subgroup analysis meta2 <- metacor(cor, n, data=Fleiss93cont,byvar=group) summary(meta2) forest(meta2) funnel(meta2) metainf(meta2) metainf(meta2, pooled="random")

########################################################################################### #Example from Meta Package: Cumulative Metanalysis ########################################################################################### ##Calculating metanalysis object meta1 <- metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data=data_bin, studlab=author, sm="RR", method="I") summary(meta1)

## Calculating metanalysis cumulative model metacum(meta1) metacum(meta1, pooled="random") forest(metacum(meta1, pooled="random"))

########################################################################################### #Example from Meta Package: Metarregression ########################################################################################### meta1 <- metacont(n.e, mean.e, sd.e, n.c, mean.c, sd.c, data=data_cont, sm="MD") meta1<- update(meta1, byvar=group) metareg(meta1) metareg(meta1, ~group + age)